在大明朝，沿海地区倭寇横行。明朝的督察御史江灵运带着儿子江流儿，罗师爷等人沿运河南下。 这时沿岸大明官军和倭寇的战斗吸引了他们的注意力，他们走出船舱来到山头，看见了明军和倭寇激战的场面，胜利在望的大明官兵在紧要关头被倭寇使用的大明神机大炮打败。被关押的倭寇密使却被神秘人放走。江灵运把江流儿托付到凌云寺，不甘心呆在寺里的江流儿当他听说凌云寺长老圆德是妖刀王的师父时，当即决定留了下来。

在凌云寺的江流儿结识了一帮小和尚，圆德把江流儿关进藏经阁让他背四书五经，气得江流儿暴跳如雷。万般无奈的他只好看书消遣，无奈江流儿看到“四书五经”就头疼，背书更是前背后忘，为了解乏他又跑到棋经书架前，并好奇地偷偷打开圆德一个珍藏的匣子，匣子里的一本书里冒出的金光吸引了他，书名《新诚全图》。

心情沮丧的江流儿又回到了凌云寺，圆德坚决不相信妖刀王勾结倭寇的事实。上街采购货物的江流儿和小和尚们在棋场遇见了被骗赌棋的洪老爷，赌场老板花面狼不仅通过赌棋霸占了洪老爷的全部家产还要逼迫洪老爷把女儿洪小姐嫁给他，一心想当英雄的江流儿在小和尚们的撺唆下出头为洪老爷打抱不平，并和花面狼签下赌棋约定。

晚上，在凌云寺里，江流儿正在父亲江灵运面前大吹自己如何神勇，江灵运要求江流儿在凌云寺跟圆德好好学习，突然妖刀王闯进房间，江灵运大惊呼来护卫，这些护卫却被妖刀王轻描淡写地制服了，看呆的江流儿连呼“酷毙了”。妖刀王告诉江灵运他不是和倭寇勾结的人，但他一定会查出是谁和倭寇勾结，是谁把神机大炮卖给了倭寇。

在熙熙攘攘的街上，正坐在地上吃饼的江流儿，不想放在地上的包裹被一条狗叼走，江流儿追着狗无意中来到了老国手刘南如的棋室，并被棋室里挂着的八张围棋图所散发的光芒所震惊，不知不觉间江流儿自己也拥有了大师的气质，并在每一图上放了下一手。

在“快斧手”的密室里，花面狼问“快斧手”如何处置江流儿，“快斧手”说要把他的全部围棋知识交给江流儿，花面狼大惑不解，“快斧手”说他自有妙计，将来终有一天会让江流儿死在自己的手里，这时，“快斧手”感觉到有人偷听，等他跃出窗外，只看见一个身影已飞出墙外。

密室里，“快斧手”的大徒弟雷凌云悄悄从号称“东郭”的郭逢春家跑回报告师傅在郭家的情况，为了在“国手大对决”比赛中夺得“棋圣”，“快斧手”要雷凌云尽快获得《弈理指归》。

和刘如南的决赛开始了，人们一致看好刘如南的胜利，刘如南在对弈前鼓励江流儿要加强理论的学习，同时希望江流儿早早脱离“快斧手”另投明师，“快斧手”冷冷地回答鹿死谁手还不知道呢。比赛开始了，江流儿拍下了第一个子，当刘如南走了第二手后，江流儿却进入长考，漫长的长考，观众们议论纷纷……

晚上江流儿独自一人来到刘如南家，看见刘如南已经长逝，他的面前放着白天和江流儿的对弈复盘，家人告诉江流儿刘如南临死前边复盘边对家人说这是他今生下的最好的一局棋，他死而无憾，他是复完最后一子大笑而去。江流儿泪流满面，刘如南家人把刘如南的心血“弈林妙手”送给江流儿，并把他写给“东郭”的推荐信给他，希望他将来成为一个国手。

一天晚上，江流儿在和潘国兴在厨房里研究对局时，躲在门外的雷凌云终于知道了真相。 师兄弟间对决的日子到了，潘国兴满怀信心地告诉小燕子他会战胜雷凌云娶她为妻。而雷凌云一脸笑。当大家都来到棋楼，雷凌云和潘国兴即将比赛时，雷凌云却让师弟们把江流儿抓了起来，正当大家诧异之时，雷凌云告诉郭逢春他为师傅抓到了杀害老国手刘如南的凶手－江流儿，在大家不信时，花面狼出现在江流儿的面前。雷凌云让人绑起江流儿，让江流儿看着他如何战胜潘国兴。

号称“南李”的江南棋痴李慕清在扬州摆下了“十日战百雄”的特大棋赛，以一天同时战十位围棋选手的进行赌棋，使扬州挤满了来自各地围棋好手，几日来李慕清已使几十名围棋好手成为手下败将。江流儿在酒店、住处所看见的都是棋手们在如何研究对付李慕清的方法。这天，正在看棋的江流儿看见一小乞丐偷一富人的金子被发现被人追赶，江流儿帮助他逃离。第二天江流儿来到棋赛现场，看见小乞丐拿偷来的金子作赌注参加李慕清“一对十”的车轮战，引起大家的哄笑，然而比赛中，李慕清却输给了小乞丐。

夜晚，江流儿和小乞丐坐在山头，在月光下江流儿跟小乞丐诉说自己的过去、讲圆德，讲妖刀王、讲自己学围棋的经历，他把小乞丐当成了最好的朋友。小乞丐建议他俩结拜成兄弟，江流儿高兴地答应，俩人在月光下结拜兄弟。之后的日子里，他俩一起切磋棋艺、一起游览江湖，一起崇敬着美好的未来，小乞丐将一本珍贵的棋谱《造微精理》送给江流儿，而这本书竟是号称“开局百步无敌手”的当代围棋第一高手方胜的力作，使江流儿在围棋布局上有了很大的提高。

刚赢得比赛第一的“北武”门大弟子武云飞在酒店了大发狂言并羞辱棋手们纷纷议论没来参加这次比赛的围棋小神童江流儿，使来寻找喝醉酒的老疯丐的小乞丐非常生气，并用语言故意和他为难，双方动起武来，再加上老疯丐的胡搅蛮缠，把个庆功宴搞的一团糟，刚赶来的江流儿原想告诉小乞丐回家的打算也迫不得已加入了混战，正当大家打得乱七八糟时，小乞丐被一人抓住了手，他抬头一看吃惊地叫了声“父亲！”

林心诚要帮助江流儿成为第一国手，并将他的毕生心血“天地大同定式”传授给江流儿，江流儿激动地叫了声“师傅”，他终于找到了他苦苦要寻找的领路人。林心诚告诉江流儿当年中了一心想当第一国手的方胜设下计谋，同时和“南李北武”、“西金东郭”、方胜等八大围棋高手决斗，由于“天地大同定式”尚未成熟，再加上八大国手的高超棋艺，林心诚尽管大获全胜，终因体力不支及兴奋过度而狂喷鲜血差点死去，从墓堆里爬出的林心诚由此而发疯，经过几十年的艰苦探索，终于他完成了“天地大同定式”，他希望江流儿学会“天地大同定式”，杀回国手赛打败方胜为他报仇。

一个头发花白的老头点起水烟，“咕噜噜”地吸烟使对手烦躁不已，同时他还把烟喷到对手的脸上，使对手不停地咳嗽而出错棋输了比赛；一个胖子棋手大把大把地吃着炒豆，放出又响又臭的屁，对手向裁判提抗议，裁判捂着鼻子说他没违反规则，对手终于被他的臭屁熏昏倒地；一个满脸红豆的选手对对方说他得了将死的传染病吓得对手逃出赛场；另一棋手在对手出恭时偷偷在他活棋中填死一个眼，对手回来后发现自己变成死棋，两人打斗起来，被卫士双双轰赶出棋场；和江流儿对棋的棋手站起身向江流儿一拱手走出棋场；雷凌云把子望棋盘上一拍对对方说：“以你的水平，这辈子还不如回家抱孩子”羞得对方满脸通红……

江流儿战胜郭逢春使参赛的高手们都紧张起来，郭逢春告诉弟子们当年他们联手逼死林心诚的事情。而江流儿再次遇见方百花，他告诉了方百花林心诚的故事，同时坚定要跟当年陷害林心诚的主谋方百花的父亲方胜争夺棋圣称号。天黑了，江流儿和百花在府门前依依不舍的告别，在回去的途中江流儿被一辆飞驰而过的马车撞到，地上流下了很多血…，跟踪而来的小伙伴来福帮着方百花把江流儿抬进了房间。

雷凌云邀请战胜江流儿的武云飞在府上喝酒，同时说明日和武云飞的比赛肯定赢不了，并预祝武云飞从方胜手上夺得“棋圣”称号，武云飞心花怒放，大口大口地喝酒并许诺将来必定让雷凌云成为第二围棋高手，雷凌云招来了妖艳的女子为武云飞伴舞及诱惑武云飞，武云飞眼花缭乱……

浑身是伤、心神憔悴的江流儿回到了凌云寺使众人大吃一惊。藏经楼园德大师对跪在他面前的江流儿说他不适合出家，在江流儿的心里永远只有围棋，围棋才是江流儿的生命。园德指着藏经楼里无数的围棋书籍，要江流儿好好学习，告诉江流儿这些围棋前辈们会跟他好好交谈。江流儿仰望着群星闪烁的天空，耳边响着园德大师的话，他终于又拿起了棋子。

雷凌云愿意帮助黑木战胜所有的中国棋手，条件是让黑木战胜所有的国手包括“棋圣”方胜，并逼他们立下契约输后永远不许再下棋，因为他要成为中国围棋界的“棋圣”。黑木说雷凌云卑鄙，要佐佐木别和他交易，雷凌云冷笑着说他知道中国所有的棋手的优弱点，没有他的帮助，黑木很难打败所有的棋手，佐佐木要黑木别忘了丈和临别时的话，黑木终于同意和雷凌云合作，雷凌云得意地笑了。

黄皋宣布比赛开始，黑木傲慢地让郭逢春先行，郭逢春以中国人的礼节让黑木先行，黑木冷哼一声，拍落了第一个棋。比赛激烈进行，台下，福王和众棋手不时被棋盘上胜负变幻莫测的形势时而兴奋时而担忧，而方百花此时却想起了江流儿。比赛以郭逢春的失败而告终，输棋后的郭逢春当众宣布退出棋坛，但警告黑木，中国有的是人才，黑木的命运必将和他的师傅－丈和一样在中华棋坛上惨遭失败。面对佐佐木的恶意挑衅，中华第一围棋国手“开局百步无敌手”方胜勇敢地站出来应战，双方约定十天后在这里决战。

外出采购食物的小和尚听到大家纷纷议论江流儿将要和日本围棋奇童黑木比赛的消息大为吃惊，他把消息带回凌云寺，正在藏经楼里钻研围棋的江流儿也很惊讶。这时苦苦寻找江流儿的妖刀王终于出现了，他告诉江流儿是百花冒他的名，用这个方法来最后一次寻找江流儿归来，如果江流儿不出现她将代江流儿和黑木一战，并将以死来怀念江流儿，妖刀王希望江流儿能复出和黑木一战，以解救所有被逼签下再也不能下棋的围棋高手。

江流儿和黑木的比赛吸引了所有的围棋高手，由于黑木放出了天魔大化定式，江流儿的形势已经极其不利。台下，连方胜等在内的各位国手都已认定江流儿必败无疑。黑木的脸上露出了笑容，他得意地摇起了蒲扇。处于劣势的江流儿竟把棋下成了旷世奇局－“三劫连环”，黑木和众人看到“三劫连环”都目瞪口呆，这被称作神仙路过才会有的和棋竟然出现在这里，黄皋宣判这局棋为和棋

江流儿独自坐在瀑布前沉思，百花调皮地将一个石子扔进水里惊醒了江流儿，两人在嬉闹后江流儿告诉她他已和黑木在比赛围棋的过程中结成了友谊，他欣赏和敬佩黑木的围棋造诣，他很担忧黑木输棋后真地自尽。花面狼偷偷溜进了方百花的厨房，花面狼在方百花特意为江流儿准备的鱼汤里下了毒。

黑木出现在江流儿的住处使所有的人大为吃惊，许多人要对黑木动武，江流儿挣扎着起来迎接他，黑木对江流儿跪下请罪。江湖上人们谈论着明天黑木和江流儿最后一战，也谈论他俩成为好朋友的情况，同时猜测他们中任何一个输后的结局，同时也在谈论妖刀王和佐佐木的决战。

“飞天虎”、“黑豹”遇到了奄奄一息的浅川，浅川告诉了他们佐佐木和三朗的阴谋。棋盘上，黑木和江流儿的激战变幻成八卦阵、迷魂阵、长蛇阵，天神和天魔各施变化之术，指挥无数小怪、小神激战，讲棋的郭逢春的长袍被阵阵狂风吹起，观棋的观众连呼“妙子”“精彩”，一群群信鸽腾空而起飞向各地，驿站上传递员快马加鞭，各地棋场上，人们都在观棋，连断臂的武云飞也在赌棋场上给大家讲解。比武场上，佐佐木的忍者刀法施展出威力，妖刀王的妖刀刀法也变幻莫测。